Para dar a conocer el origen del Colegio San José de la Encarnación, es necesario recordar a la creadora de esta gran obra Madre Clara María de Jesús Fundadora de las Carmelitas de San José quien después de una vida sufrida en su matrimonio, se dedicó por completo al servicio de la educación, dirigiéndose a los más pobres y necesitados, preocupándose por dar una formación integral a la juventud.
El 14 de octubre de 1,916, funda la congregación de Carmelitas de San José, en la República de El Salvador. Con el fin de continuar la obra iniciada por ella, al fundar la congregación dijo: “Si esta es obra de Dios perdurará, pero si es obra humana se disolverá como sal en el agua”, y en otro momento dice: “Hijas lo digo con toda verdad, no merezco ser su madre, no pensé que sería fundadora de este palomarcito, una pecadora como yo ¿estar con estas almas puras? No soy digna ni de besarles los pies, la visión heredada de la fundadora de esta nueva congregación, es la de cooperar en la salvación de las almas, y ayudar a que los niños y jóvenes sean buenos cristianos y auténticos ciudadanos, la congregación poco a poco fue creciendo y se fueron fundando las primeras instituciones educativas.
En el año de 1,928 muere madre Clarita pero antes de morir dice a sus hijas: “Aquí en la tierra ya no les puedo ayudar, pero desde el cielo les ayudaré, no se aflijan, confíen en Dios, sean valientes, decididas hasta morir en la batalla, adelante va su capitana, cuando yo muera y se vean perseguidas, serán purificadas como oro en el crisol, pero aunque sean cuatro, con esas cuatro estaré yo”.
Es así como en el año de 1,964 En el municipio de Villa Canales de la República de Guatemala, por petición del párroco de dicha comunidad, el reverendo padre Otelio Angelleti, llevó un grupo de cuatro hermanas carmelitas de San José con buena voluntad y entusiasmo, para colaborar con la formación humana, cristiana y científica de la niñez de aquella comunidad. El pueblo de Villa Canales las recibió con mucha alegría y cariño.
Se inicia la labor educativa, del naciente colegio San José de la Encarnación, Las clases se comenzaron en casa del Señor Israel Solórzano, con noventa niños, después de un tiempo se trasladó el colegio a casa de Doña Catalina Orellana, que en la actualidad es el Auditorio Municipal. Cabe resaltar que en sus orígenes el colegio se llamó San José Obrero, pero después se le dio el nombre de San José de la Encarnación, en memoria del primer convento carmelita de clausura, fundado por Santa Teresa de Jesús en España. Por sugerencia de las damas canaleñas, la superiora Madre Jacinta, de la Madre de Dios, hace la petición a la firma Escamilla, para que donaran un predio para la construcción del colegio. En 1965 se obtiene la respuesta rápida, concediéndoles su petición.
En 1967 se bendijo la primera piedra de la primera planta del área de primaria, por el excelentísimo Vicario General de la Arquidiócesis de Guatemala. En 1968 se comenzaron los trabajos del tanque de agua. Para recaudar fondos se realizaron rifas, Kermeses, baratillos y películas, todo esto con el apoyo de Doña Isabel Escamilla. Las hermanas fundadoras del colegio pasaban muchas pobrezas y para poder tener la alimentación necesaria tuvieron que acudir a personas generosas para solicitarles ayuda alimenticia, les regalaban pescado, panes, arroz, maicena entre otros.
Lo que ingresaba al colegio alcanzaba apenas para pagarles a los docentes, la cuota en ese entonces era de un quetzal mensual. Con mucho sacrificio y con la ayuda de Dios, las hermanas fueron construyendo, poco a poco, la segunda fase del colegio, desde sus orígenes se ha luchado porque esta institución preste un servicio de calidad a la niñez y juventud guatemalteca, perpetuando así la visión de madre clarita.
El fin de toda institución carmelitana, es la salvación de las almas, así como la formación moral, creando cristianos auténticos que utilizan sus conocimientos para el bien de la humanidad sin olvidar al más débil y desprotegido, es por eso que promovemos los valores carmelitanos, que lleven a nuestros alumnos a tomar el camino de la verdad que el mismo Jesús nos propone a través de sus enseñanzas en los evangelios.